Музей, полностью посвященный тематике подземных защитных сооружений (убежищ гражданской обороны, «секретных бункеров», специальных систем метрополитена), с 2018 года функционирует рассредоточено, на нескольких постоянных и временных площадках, а также проводит временные выставки в дружественных музеях и учебных заведениях.
Основной подземной площадкой музея на данный момент является бывшее гражданское противоатомное убежище на 600 человек в Пресненском районе ЦАО, около Москва-Сити (метро «Выставочная», «Деловой центр»).
Здесь расположен наш подземный лекторий, запасники музея, две больших экспозиции по современной фортификации («гражданское убежище» и «секретный бункер») и экспозиция «Подземная Москва«.
Помимо размещения собственных экспонатов музея, в гражданском «бункере» около Сити силами ЦИСФПС и волонтеров было проведено восстановление как визуального оформления, так и старых советских систем военного времени, что позволило демонстрировать само убежище в аутентичном состоянии, как часть экспозиции по подземной защите населения.
Кроме того, по состоянию на январь 2024 года Музей современной фортификации содержит часть своих экспозиций еще в двух объектах, куда организует регулярные экскурсии. Это бывший узел правительственной связи «Объект 305» в Московской области и бывший защищенный архив Министерства иностранных дел СССР, расположенный в Москве на глубоком объекте ЧЗ-703 между станциями метро «Павелецкая» и «Третьяковская».
На изначально аварийном объекте ЧЗ-703 за 2019-2020 годы силами ЦИСФПС и волонтеров также была проделана большая работа по реставрации старых технических систем подземного комплекса.
После того, как бывший спецобъект был приведен в безопасное состояние, начались первые экскурсионные программы с интерактивными элементами — посетителям предлагалось самостоятельно открывать многотонные защитные двери и запускать различное оборудование.
Этот же наш принцип — «контактный музей» (с) — действует и в основной экспозиции в противоатомном убежище около Сити, и в наших временных проектах («Убежище на Подъемной», «Бункер 305», и др.). Большинство экспонатов можно трогать. Исправные системы жизнеобеспечения, специальной связи, РХБ-разведки можно запускать и управлять ими.
Экспозиция музея постоянно пополняется различным оборудованием, связанным с тематикой защиты от оружия массового поражения. В основном комплексе в бомбоубежище около Сити уже выставляется более 700 экспонатов.
Сейчас здесь представлены все самые распространенные средства индивидуальной защиты, устройства детектирования ионизирующего излучения, приборы химической и биологической разведки 1950-1990-х годов.
Также имеется крупная интерактивная экспозиция по специальной связи, в которой представлены артефакты из советских «секретных бункеров». Некоторые экспонаты являются уникальными и представлены только в этом музее.
Важнейшей частью работы музейного коллектива стали научные исследования по истории защитных сооружений в городах б.СССР и по инженерно-техническому оснащению старых подземных спецобъектов.
Помимо размещения в музее рассекреченных материалов, извлеченных из федеральных и региональных архивов, сотрудники активно работают над наглядной визуализацией различных исторических спецсооружений.
Особая гордость музея — высококачественные рисунки-реконструкции, выполненные Анастасией Зотовой и макеты «бункеров», созданные под руководством Петра Ефименко.
Ежегодно в подземном кинозале идет цикл просветительских лекций «Ниже уровня земли», который знакомит широкую общественность с историей и инженерией подземных пространств. Издаются книги, снимаются документальные фильмы.
Для постоянных участников музейных мероприятий и волонтеров иногда проводятся легальные экскурсии в некоторые не-экскурсионные подземные сооружения Москвы, закрытые для обычных посетителей.